Une ancienne lignée humaine « fantôme » exhumée de l’ADN de populations africaines

Comme les Européens portent l’héritage génétique de l’Homme de Neandertal, quatre populations d’Afrique de l’Ouest, étudiées dans une nouvelle publication, conservent aussi des gènes archaïques. Sauf qu’il s’agit d’une ancienne espèce humaine inconnue.

L’Homo sapiens est apparu pour la première fois en Afrique il y a environ 300.000 ans. Plus tard, il a quitté son berceau pour explorer le monde. Sur sa route, il a croisé d’autres espèces humaines comme l’Homme de Neandertal en Europe ou l’Homme de Denisova en Asie. Aujourd’hui, les populations européennes gardent des traces de la rencontre entre Homo sapiens et Homo neanderthalensis dans leur génome. De l’autre côté de la planète, les populations d’Asie et d’Océanie portent dans leur gène l’héritage de l’Homme de Denisova.

Qu’en est-il pour les populations africaines ? Les contributions génétiques d’ancienne espèce humaine sont mal comprises. Une publication parue dans Science advances a passé au crible le génome de quatre populations africaines et y a décelé les traces d’un hominidé archaïque. Problème, celui-ci est totalement inconnu.

Des traces d’une espèce humaine inconnue

Les scientifiques ont utilisé les séquences génétiques de 405 personnes déposées dans une base de données. Une analyse mêlant statistique et génétique a permis de déceler des traces d’ADN archaïques sans avoir à le comparer à un ADN de référence extrait d’un fossile.

Ainsi, leur analyse, réalisée au niveau nucléotidique (SNPs), a révélé que quatre populations d’Afrique de l’Ouest (les Yorubas et les Esan du Nigéria, les Mende de Sierra-Leone et les habitants de la province occidentale du Gabon) détiennent entre 2 et 19 % de leur ascendance génétique d’une population archaïque.

La présence des fragments d’ADN ancestraux pourrait être expliquée par un métissage génétique ancestral entre Homo sapiens et un autre membre de l’espèce humaine. Ce phénomène est appelé une «introgression » génétique et est visible dans le génome des populations modernes.

Portrait-robot d’un fantôme

Selon leur analyse, cette nouvelle espèce aurait formé sa propre branche de l’arbre phylogénetique de l’Homme vers 650.000 ans avant notre ère. Soit, à peu près 100.000 ans avant l’Homme de Neandertal. La rencontre entre cette espèce « fantôme » et Homo sapiens se serait faite il y a 43.000 ans. Et on n’en sait pas beaucoup plus. « Nous ne savons pas où cette population a vécu, ni si elle correspond à des fossiles connus ni comment elle a disparu », explique Sriram Sankararaman, chercheur en génétique humaine à l’université de Californie.

De plus, ces analyses ne sont pas suffisantes pour savoir si cette espèce humaine distincte a fêté la Saint-Valentin une seule fois ou plusieurs fois avec Homo sapiens durant les centaines de milliers d’années pendant lesquelles ils se sont côtoyés.

Julie Kern (Futura planète du 17/02/2020